Las últimas y devastadoras batallas de las Guerras de los Clones se libran en toda la Galaxia bajo el mando del lord Sith, Conde Dooku, que ha secuestrado el Canciller Supremo Palpatine, retenido por el líder del ejército de los androides General Grievous al que se enfrentarán Obi-Wan Kenobi y Anakin Skywalker, logrando rescatarlo y acabar, por orden del propio Palpantine, con el conde Dooku. Pero no con Grievous, que consigue huir.
En Coruscant son recibidos como héroes. Allí Anakin puede ver de nuevo a su amada Padmé, que le confiesa que está embarazada. Su alegría sólo se verá nublada por los sueños en que Annakin ve cómo Padmé fallece tras dar a luz.
Palpantine pide a Anakin que le represente en el Consejo Jedi. Es aceptado, pero sin otorgarle el rango de maestro, lo que considera un insulto, pese a lo cual acepta el encargo de espiar al Senador, mientras su lealtad hacia los Jedi se tambalea pese a ser, según la profecía el Elegido para asegurar la paz en toda la galaxia y traer el equilibrio a la Fuerza.
Palpantine le revela que Grievous se esconde en Utapau. Pero el Consejo designa a Obi- Wan para derrotarlo mientras los demás líderes rebeldes huyen al planeta volcánico de Mustafar.
Palpantine le confiesa que es un lord Sith y que si se une a ellos será el Jedi más poderoso de la galaxia, pudiendo alcanzar incluso el poder de resucitar a los muertos, que le serviría para liberar a su esposa Amidala de su presentida muerte.
Anakin revela a Winduel secreto de Palpantine, y este, conocida ya la derrota de Grievous decide detener a Palpantine al no haber ya razones para prolongar sus poderes.
La lucha entre Windu y Sidius es feroz. Este se deteriora tras la lucha y Windu decide matarlo para acabar con sus poderes. Pero Anakin no se lo permite porque piensa que si Palpantine muere no podrá salvar a Padmé. Desarma a Windu que muere víctima de Palpantine. A partir de ese momento Anakin se someterá a sus enseñanzas.
Y como tal su primera misión es acabar con todos los Jedi del templo, para impedir que estos acaben con ellos mientras mueren también el resto de Jedis dispersos por las galaxias a manos de los clones. Sólo se salvarán Obi-Wan y Yoda, que cuentan con el senador Organa.