La nave diplomática de la República que transporta a los dos Caballeros Jedi, es destruida, pero Qui-Gon y Obi-Wan logran llegar a Naboo.

Jar-Jar Binks lleva a los jedi al pueblo submarino de Otoh Gunga de la Federación. La Federación captura a la Reina Amidala . Los Jedi, liberan a la Reina y escapan hacia Coruscant para pedir ayuda al Senado Galáctico . Se encuentran con las naves de combate de la Federación. La nave es atacada, al punto en que pierde sus escudos. Un droide llamado R2-D2 restaura los escudos, permitiendo a la nave escapar del bloqueo.

La nave es forzada a aterrizar en Tatooine . Conocen a Anakin Skywalker , un esclavo que le pertenece a un un comerciante de chatarra. Anakin construye un droide casi-completo llamado C-3PO . Qui-Gon siente la Fuerza en el niño y cree que él podrá ser el Elegido que cumplirá la profecía y traerá equilibrio a la Fuerza . Anakin, entra en una carrera de vainas y gana la carrera. Qui-Gon gana la libertad de Anakin y las partes necesarias para la nave. Le fue imposible ganar a la libertad de Shmi, madre de Anakin, duda entre permanecer en Tatooine con su madre, o perseguir sus sueños de convertirse en Jedi. Con gran pesar, decide partir, Darth Sidious envía a su aprendiz, Darth Maul a matar a los Jedi y capturar a la Reina.

Qui-Gon informa al Consejo Jedi acerca del atacante misterioso. El Consejo cree que podría indicar el regreso de los Sith , una antigua orden religiosa que sigue al lado oscuro de la Fuerza. Qui-Gon también habla sobre Anakin. Despues de examinar al chico, el Consejo lo rechaza, diciendo que se preocupan al percibir mucho miedo y pena, causados por la separación de su madre, lo que podría llevarlo al lado oscuro. El Senador Palpatine convence a la reina de promover una moción de censura contra el Canciller Valorum . El resultado deriva en la elección de Palpatine como el nuevo Canciller Supremo. La Reina vuelve a Naboo, escoltada de nuevo por Qui-Gon Jinn y Obi-Wan Kenobi, quienes por instrucciones del Consejo Jedi, buscan la oportunidad de desenmascarar al atacante de la reina.

La Reina forma una alianza con los gunganos y, uniendo fuerzas, se enfrentan a la Federación de Comercio. Anakin Skywalker destruye por accidente la Nave de Control de Droides de la Federación, desactivando todos los droides en el planeta. La Reina y su pequeño grupo de soldados pelean hasta encontrarse con el mismo Nute Gunray . En el camino hacia allá, Darth Maul combate contra Obi-Wan y Qui-Gon en un duelo mortal. Separados por escudos, Obi-Wan mira desesperadamente cómo Maul mata a su maestro. Enfurecido por la muerte de su mentor y amigo, Obi-Wan entra y atrae hacia su mano el sable láser de su maestro, y corta a Darth Maul en la mitad.

EQui-Gon le ruega a su aprendiz que entrene a Anakin. Obi-Wan, herido por el dolor de ver a su maestro y amigo morir en sus brazos, le promete que él entrenará al joven Anakin.

La película termina con una enorme celebracion entre los ciudadanos de Naboo y los gunganos. La Reina le presenta al Jefe Nass con un regalo de gratitud y amistad.